Dans la troisième partie de la série Metal Slug, le Général Morden est de retour et il prévoit d'établir un nouvel ordre mondial.
Le joueur guide l'un des héros (Marco, Tarma, Eri, ou Fio) alors qu'il se fraie un chemin à travers les niveaux remplis d'innombrables ennemis et boss. Il doit libérer des otages et peut conduire des véhicules bizarres tels que des chameaux, des éléphants, des chars et des robots.